Первые сведения о наличии в Бутырском хуторе тюрьмы относятся к XVII веку. По некоторым сведениям, здесь во времена Петра I содержались
мятежные стрельцы. Новое здание было построено по проекту архитектора М. Ф. Казакова в конце XVIII века — как губернский тюремный замок.
С 1868 г. заведение было центральной пересыльной тюрьмой, через которую ежегодно проходило порядка 30 тыс. человек. В 1907 г. в тюрьме было создано
следственное отделение, в 1908 г. — каторжное отделение.
После Октябрьской революции 1917 г. Бутырка использовалась как следственная и пересыльная тюрьма. В настоящее время это следственный изолятор.